Marine Rohmer

Experience

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  CIRAD

  Apr 2010 - Jun 2010

  Technicienne supérieure de laboratoire stagiaire

  --> Étude de la fixation du plomb et du cadmium par les bactéries lactiques du lait de camélidés du Kazakhstan. Tâches réalisées : -Synthèse bibliographique des travaux déjà réalisés et de leur contexte. -Identification de souches via techniques microbiologiques (cultures, techniques de caractérisation bactérienne courantes) via techniques de biologie moléculaires (Extraction d'ADN, PCR, DGGE). -Test quantitatif de fixation (lyophilisation, participation à des tests de spectrophotométrie d’absorption atomique ). -Évaluation d'un nouveau kit d'extraction d'ADN AdemTech. Show less

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  LIRMM

  May 2012 - Jul 2012

  Ingénieure en bioinformatique stagiaire

  --> Installation de Galaxy sur la plateforme montpelliéraine ATGC et intégration de l'outil de mapping Crac.Tâches réalisées : Installation locale de la plateforme de workflows bioinformatiques Galaxy.Intégration de deux outils complémentaires de traitement de données NGS sur l'instance Galaxy installée (Interfaçage (XML), Inter-opérabilité des formats (Python), Encapsulation par wrappers (shell)).Développement de Galaxy sur un cluster de calcul.Exposition des travaux avec élaboration de poster lors de JOBIM 2012. Exposition des travaux avec support visuel lors d'un séminaire au LIRMM. Show less

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  ACOBIOM

  Mar 2013 - Aug 2013

  Ingénieure en bioinformatique stagiaire

  --> Mise en place d'un système d'information (base de données + interface) pour la traçabilité de l'entreprise.Le système doit permettre de saisir et de consulter de manière simple et intuitive l'ensemble du pipeline d'analyse de l'entreprise, impliquant des données biologiques, bioinformatiques et statistiques.Tâches réalisées :-Étude des besoins du client + étude de l'existant.-Modélisation du système d'information (UML).-Implémentation du système d'information (SQL, HTML, CSS, PHP, JavaScript) Show less

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  Plateforme Montpellier GenomiX (MGX)

  Nov 2013 - Feb 2017

  Ingénieure en bioinformatique

  La plateforme MGX, située à l'Institut de Génomique Fonctionnelle (IGF) de Montpellier, fait partie de l'Unité d'Appui à la Recherche BioCampus Montpellier (UAR 3426 CNRS - US 09 INSERM - UM).Analyse de données NGS (Illumina) :Contrôle qualité des séquences ;Analyse RNA-seq (alignement, analyse différentielle, gene ontology) ;Analyse ChIP-seq (alignement, recherche de sites de fixation ADN-protéine) ;Détection de variants génomiques (SNP, indel, CNV) ;Analyse RRBS (alignement, cytosines différentiellement méthylées).Restitution des données et communication avec le client.Environnement de travail ISO 9001:2008. Show less

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  Deinove : cap sur la biotransformation et l’innovation

  Mar 2017 - Jan 2023

  Ingénieure en bioinformatique

  DEINOVE est une entreprise de biotechnologies spécialisée dans la découverte et la valorisation de composés bactériens innovants, notamment de composés antibiotiques.J'y occupe le poste d'ingénieure en bioinformatique depuis mars 2017, et j'ai en charge la mise en place et l'analyse des données issues de séquençages (génomique, métabarcoding, métagénomique, profilage 16S), produites par différentes technologies (Illumina, Oxford Nanopore, PacBio, Sanger). Je travaille sous linux et utilise principalement les langages bash, python et R.Mon travail est harmonieusement réparti entre des tâches de production et des analyses de recherche et développement, tout en interagissant régulièrement avec les différentes équipes wetlab.J'ai participé de façon très active à l'encadrement de deux stagiaires de Master 2 bioinformatique (2018, 2019). Show less

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  Freelance

  Oct 2024 - now

  Community manager

  Mise en place de la communication Instagram chez une cliente (2 mois et demie) :• Définition d’une charte éditoriale• Création de templates Canva• Publications 2 posts / semaine + min. 1 story / jour• Routine d’engagement et veille des tendances• Suivi et analyse des KPICréation de visuels pour flyer A5 et carte cadeau